151 - Bateria production - Leucine incorporation
Rosette
RESPONSABLE
France Van Wambeke
LMM : Laboratoire de Microbiologie Géochimie et Ecologie Mariones, CNRS - UMR 6117, Campus de Luminy, case 907, 13 288 Marseille cedex 9, France
tel 04 91 82 90 49 - fax 04 91 82 90 51 – e mail wambeke@com.univ-mrs.fr
expérimentateurs :
pomme 1 Leg 1 : Micheline Bianchi, Catherine Guigue
pomme 1 leg 2 : France Van Wambeke, Urania Christaki
pomme 2 leg 1 : Marc Vernet, Cédric Magen
pomme 2 leg 2 : France Van Wambeke, Urania Christaki
pomme 3 leg 1 : France Van Wambeke, Hera Karayannis
pomme 3 leg 2 : Urania Christaki, Hera Karayannis
Stratégie d'échantillonnage
Pour chaque Leg 1, environ une station sur deux a été étudiée.
Pomme 1 Leg 1 : 36 stations (profondeur variable suivant les profils)
Pomme 2 Leg 2 : 44 stations (0-600m)
Pomme 3 Leg 1 : 49 stations (0-600m)
Pour chaque Leg 2, deux profils par site ont été étudiés, chosis au midi solaire.
Pomme 1 Leg 2 : 8 profils (0-600m)
Pomme 2 Leg 2 : 8 profils (0-600m)
Pomme 3 Leg 2 : 8 profils (0-600m)
METHODES ANALYSE / PRELEVEMENT / ACQUISITION
La technique utilisée est celle de la mesure de l'incorporation de leucine dans les protéines. Des échantillons sont incubés en présence d'un mélange de 3 H-leucine et de leucine froide, de façon à introduire 20 nM en concentration finale. Les échantillons sont incubés à l'obscurité, à température in situ (incubateurs réfrigérés) de 2 heures à 18 heures, en fonction du degré d'activité. En fin d'incubation, les protéines sont précipitées par addition d'acide trichloracétique (5% final). Le précipité a l'acide trichloracétique est extrait, soit par centrifugation (échantillons de surface), soit par filtration (au-delà de 200 m), puis dosé en scintillation liquide. L'embarquement du compteur a permis d'effectuer toutes les mesures à bord. Des validations de cette technique ont été effectuées au cours des différentes campagnes par des suivis des activités en fonction du temps d'incubation, des concentrations en leucine rajoutées et des différents protocoles d'extraction des protéines marquées. La vitesse d'incorporation de leucine dans les protéines est convertie en terme de production bactérienne par le facteur de conversion de 1,5 ng C par pmole de leucine incorporée dans les protéines.
Ces données sont validées (octobre 2005)
Kirchman D.L., 1993. Leucine incorporation as a measure of biomass production by heterotrophic bacteria. In: Handbook of methods in aquatic microbial ecology. Kemp P.F., B.F. Sherr, E.B. Sherr & J.J. Cole (Eds.), Lewis, Boca Raton, pp. 509-512.
Smith D.C. & F. Azam, 1992. A simple, economical method for measuring bacterial protein synthesis rates in sea water using 3H-Leucine. Marine Microbial Food Webs 6: 107-114.
Van Wambeke F, Christaki U , Giannakourou A, Moutin T & Souvemerzoglou K . 2002. Longitudinal and vertical trends of bacterial limitation by phosphorus and carbon in the Mediterranean Sea. Microbial Ecology, 43:119-133.
Karayanni H. 2004. Rôle des nanoflagellés hétérotrophes et des ciliés dans la régulation du pico- et nanoplancton photosynthétique et des bactéries en Atlantique NE : biomasses, croissance, prédation, conséquences sur la minéralisation et le recyclage de la matière organique. Thèse d'Océanologie, Université de la Méditerranée
Maixandeau A, Lefèvre D, Fernández C, Sempéré R., Sohrin R., Ras J, Van Wambeke F , Caniaux G, Quéguiner B. 2005. Mesoscale and seasonal variability of community production and respiration in the surface waters of the NE Atlantic Ocean. Deep Sea Res I, 52: 1663-1676
Karayanni H, Christaki U, Van Wambeke F , Denis M , Moutin T. 2005. Influence of ciliated protozoa and heterotrophic nanoflagellates on the fate of primary production in NE Atlantic Ocean. Journal of Geophysical Research, vol 110, C07S15, doi:10.1029/2004JC002602
Maixandeau A, Lefèvre D, Karayanni H, Christaki U, Van Wambeke F , Thyssen M, Denis M, Fernandez C, Uitz J, Leblanc K, Queguiner B. 2005. Microbial community production, respiration and structure of the microbial food web of an ecosystem in the Northeastern Atlantic Ocean. Journal of Geophysical Research, vol 110, C07S17, doi:1029/2004JC002694.
Van Wambeke F., Lefèvre D., Christaki U. Sohrin R., Goutx M., Guigue C., Karayanni H., Mével M., Sempéré R. Bacterial growth efficiencies and dilution cultures in North-East Atlantic: Variations at seasonal and mesoscales . Limnol Oceanogr, submitted in nov 2005.
DESCRIPTIF des FICHIERS
Fichier de données validées (validation octobre 2005)
Lecture des fichiers production bactérienne :
Ces fichiers concernent les profils verticaux de
pomme 1 leg 1, pomme 2 leg 1, pomme 3 leg 1
pomme 1 leg 2, pomme 2 leg 2, pomme 3 leg 2
Ils sont organisés comme suit :
fichiers Legs 1
colonne A : numéro de station
colonne B : numéro de bouteille
colonne C : profondeur (db, du fichier rosette). Sauf la station 3030, profondeurs théoriques.
colonne D : production bactérienne (en nano-gramme de carbone par litre et par heure)
colonne E : erreur de mesure de production bactérienne (variabilité entre deux duplicats). Si pas de données, un des duplicats (valeur aberrante) a été rejeté. Les échantillons profonds, étant donné leur faible activité, montrent souvent des variabilités importantes.
fichiers legs 2 : même chose, mais colonnes décalées puisque le numéro du site est dans la colonne A
les CTD s'enchaînent les unes en dessous des autres avec une ligne blanche pour les séparer
ld : limite de détection pour le volume incubé et la durée d'incubation; i.e. valeurs pas significativement différentes de celles du témoin.
nd : non déterminé ou données rejetées.